Окаджіма Рокуро, дрібний японський службовець токійської компанії, був відправлений до заморського відрядження з метою доставки якогось диска. В Східно-Китайському морі пірати, найняті російською мафією, захоплюють його корабель, щоб викрасти секретну інформацію, яка міститься на диску. Самого Рокуро пірати після штурму беруть в заручники, в надії дістати з його компанії винагороду за збереження життя їх співробітника. Але захоплена інформація виявляється настільки компрометуючою, що бізнесмени вирішують знищити і піратів і Окаджіму, щоб «замести сліди». Дивом залишившись в живих, Рокуро, або Рок (як назвав його голова викрадачів — Датч), вирішує приєднатися до піратів і стає матросом на торпедному катері «Чорна лагуна».

Катер належить маленькій, але добре відомій компанії з доставки вантажів «Лагуна», якій «інколи доводитися порушувати закон». Її офіс розташований в місті Роанапра в Таїланді, кримінальній столиці Південно-Східної Азії. У бухті міста розташована статуя Будди, а над єдиним сухопутним в'їздом висить петля, щоб «вішати чужаків», які, не подумавши, прийдуть в місто. Найтісніші відносини кур'єрська служба має з могутнім угрупуванням російської мафії «Готель Москва», але готова співробітничати з будь-яким, хто запропонує достатню суму.