Сюжет розповідає про Косудзу Мотоорі — веселу та наївну бібліотекарку, яка проживає свою повсякденність у сімейній книгарні «Судзунаан». Протягом історії вона стикається з різними книгами Йома та іншими порушниками спокою з різних і невідомих джерел, що призводить до повільного повернення «традиційних» йокаїв у Ґенсокьо, на противагу порівняно сучасним і приємним йокаям, яких зазвичай можна побачити в сучасному Ґенсокьо. Через різні спричинені цим проблеми вона привертає увагу різних «розслідувачів інцидентів», як-от Рейму Хакурей, Марісу Кірісаме та Мамідзо Футацуїву, які намагаються дослідити та, іноді, винищити різних йокаїв, знайдених у її таємничих книгах Йома.